El 31 de diciembre de 2024, Matías Fernández-Pardo expresó su deseo de representar a España en una entrevista con MARCA. A pesar de su conexión familiar con Bélgica e Italia, su corazón siempre estuvo con la selección española, especialmente tras ver la final de 2012.

A principios de febrero de 2025, se tramitó su documentación para jugar con España y fue convocado por Santi Denia para los amistosos de la sub-21. Sin embargo, una lesión muscular lo dejó fuera de la convocatoria. Tras recuperarse, su rendimiento en el Lille fue notable, pero surgieron dudas en Las Rozas. En mayo, fue incluido en la lista del Europeo sub-21, pero quedó fuera al reducir la convocatoria a 23 jugadores.

En septiembre, Paco Gallardo lo consideró para el Mundial sub-20, pero Lille no permitió su participación. En octubre, David Gordo lo incluyó en la sub-21, pero ya se percibía que Bélgica estaba interesada en él. La situación cambió: su interés por la selección absoluta se volvió más fuerte y se transformó en un "absoluta o nada".

En noviembre, Gordo declaró que no estaba preocupado por su ausencia:

No está en la lista.